Il complesso archeologico di S. Sebastiano Fuori le Mura sorge nel tratto iniziale dell’Appia Antica, tra il II ed il III miglio dell’antica via consolare.

Il sito era originariamente denominato “ad catacumbas" ossia, secondo la spiegazione più diffusa, “presso l’avvallamento”, per la presenza di cave di pozzolana, e questo toponimo è stato poi assunto, per estensione, ad indicare i cimiteri sotterranei cristiani, noti come catacombe.

Fin dal I sec. d.c., il sito è stato intensamente sfruttato ed edificato, con diverse destinazioni d’uso. Gli avvallamenti e la gallerie arenarie, infatti, furono utilizzati per collocarvi sepolture a loculo, sia pagane, sia cristiane; furono costruiti diversi colombari ed almeno due edifici residenziali, notevoli per le loro decorazioni parietali.

Intorno alla metà del II sec. si creò una piazzola, riempiendo una zona dell’arenario e vennero innalzati  tre mausolei (di Clodius Hermes, degli Innocentiores e dell’Ascia), nei quali furono deposti, nella prima metà del III sec. anche cristiani.

Quest’area fu di nuovo interrata, e fu realizzato un porticato delimitato da un muro “triclia”(quadrilatero aperto da un lato). Su un muro sono stati rinvenuti centinaia di graffiti con invocazioni ai SS. Pietro e Paolo. Ciò attesta  un particolare ed intenso culto ai due santi, in quanto le loro spoglie riposarono in questi luoghi per un certo periodo. E’ questa la ragione per cui il complesso fu identificato con l’appellativo di “Memoria Apostolorum”. Altresì l’imperatore Costantino (306-337) fece erigere la grandiosa basilica circiforme (prototipo delle basiliche costantiniane) proprio in questo luogo e la intitola ai due Apostoli.

Intanto, già dal III sec, si era sviluppata, nel sottosuolo, la catacomba, in cui furono sepolti, i martiri Sebastiano ed Eutichio. Col tempo la fama crescente di S. Sebastiano, le vicende che lo vedono potente intercessore contro le sciagure che si abbattono sulla città di Roma, determinano il cambiamento del nome al complesso, noto come Catacombe di S. Sebastiano.